Pour assurer cette protection, l'organisme dispose de deux grandes lignes de défense, complémentaires et interconnectées : l'immunité innée et l'immunité adaptative.

L'immunité innée.
L'immunité innée, ou naturelle, constitue la première barrière, une réponse immédiate et non spécifique présente dès la naissance. Elle ne cible pas un agent pathogène en particulier mais agit contre un large spectre d'intrus. La première composante de cette immunité est constituée par les barrières physiques, chimiques et anatomiques. La peau, avec son pH acide et sa flore commensale protectrice, forme une muraille quasi-infranchissable. Les muqueuses, qui tapissent les voies respiratoires, digestives et urogénitales, sécrètent du mucus pour piéger les microbes, tandis que les cils vibratiles les expulsent. À cela s'ajoutent des barrières chimiques comme le pH acide de l'estomac, capable de détruire la plupart des bactéries ingérées, ou le lysozyme, une enzyme présente dans les larmes et la salive qui attaque la paroi des bactéries.

Lorsqu'un agent pathogène franchit ces premières lignes, il rencontre les acteurs cellulaires de l'immunité innée. Les phagocytes, tels que les macrophages et les neutrophiles, sont des cellules sentinelles qui patrouillent dans l'organisme. Grâce à des récepteurs capables de reconnaître des motifs moléculaires associés aux pathogènes, ils détectent l'intrus, l'engloutissent par un processus appelé phagocytose, puis le digèrent et le détruisent à l'intérieur de vacuoles remplies d'enzymes et de substances toxiques. Les cellules dendritiques, quant à elles, jouent un rôle crucial de liaison entre l'immunité innée et l'immunité adaptative : après avoir phagocyté un agent pathogène, elles migrent vers les ganglions lymphatiques pour en présenter des fragments, appelés antigènes, aux cellules de l'immunité adaptative, amorçant ainsi la réponse spécifique. Parallèlement, les cellules Natural Killer (NK) ont pour mission de reconnaître et de détruire les cellules infectées par un virus ou devenues tumorales, en induisant leur apoptose, ou mort cellulaire programmée. L'immunité innée déclenche également une réaction inflammatoire, un processus localisé caractérisé par rougeur, chaleur, gonflement et douleur, qui a pour but de recruter davantage de cellules immunitaires sur le site de l'infection et d'isoler la zone touchée.

L'immunité adaptative.
Si l'infection persiste malgré cette première vague de défense, l'immunité adaptative, ou acquise, entre en jeu. Cette réponse est plus lente à se mettre en place, car elle nécessite une phase d'activation, mais elle est extrêmement spécifique et possède une mémoire exceptionnelle. Sa spécificité repose sur la reconnaissance d'un antigène particulier, un fragment de l'agent pathogène. Les acteurs principaux en sont les lymphocytes, un type de globules blancs. Il existe deux grandes catégories : les lymphocytes B et les lymphocytes T. Chaque lymphocyte porte à sa surface un récepteur unique, capable de reconnaître un antigène spécifique. Lorsqu'un lymphocyte rencontre l'antigène pour lequel il est programmé, il s'active et prolifère, donnant naissance à des clones de cellules filles identiques, toutes capables de reconnaître le même antigène.

• Les lymphocytes B sont responsables de l'immunité à médiation humorale, c'est-à-dire qui se déroule dans les humeurs, les liquides de l'organisme comme le sang et la lymphe. Une fois activés, ils se différencient en plasmocytes, de véritables usines à produire des anticorps, aussi appelés immunoglobulines. Les anticorps sont des protéines en forme de Y qui se lient spécifiquement à l'antigène qui a déclenché leur production. Cette liaison peut neutraliser le pathogène en l'empêchant d'infecter une cellule, le marquer pour qu'il soit plus facilement reconnu et détruit par les phagocytes, ou encore activer le système du complément, un ensemble de protéines plasmatiques qui percent la membrane des bactéries.

• Les lymphocytes T, quant à eux, orchestrent l'immunité à médiation cellulaire. Ils n'attaquent pas directement les antigènes libres, mais interagissent avec d'autres cellules de l'organisme. Les lymphocytes T auxiliaires (CD4), sortes de chefs d'orchestre du système immunitaire, libèrent des signaux chimiques, les cytokines, qui aident à activer et à coordonner l'action des lymphocytes B, des lymphocytes T cytotoxiques et des macrophages. Les lymphocytes T cytotoxiques (CD8) sont des "tueurs" : ils reconnaissent les cellules infectées par un virus ou devenues tumorales, grâce à la présentation de fragments d'antigènes à leur surface par des molécules du Complexe Majeur d'Histocompatibilité de classe I, et les détruisent en induisant leur apoptose.

Les organes lymphoïdes.
Tous ces acteurs et ces processus ne sont pas dispersés au hasard dans l'organisme, mais sont organisés au sein d'organes lymphoïdes. Les organes lymphoïdes primaires, comme la moelle osseuse, où sont produites toutes les cellules sanguines, et le thymus, où les lymphocytes T maturent, sont les lieux de naissance et de maturation des lymphocytes. Les organes lymphoïdes secondaires, comme la rate, les ganglions lymphatiques et les plaques de Peyer au niveau de l'intestin, sont les véritables plateformes de rencontre où les lymphocytes naïfs entrent en contact avec les antigènes présentés par les cellules dendritiques, déclenchant ainsi la réponse adaptative.