Ce qui définit fondamentalement un organe, c'est l'interdépendance fonctionnelle de ses composants. Le coeur, par exemple, n'est pas simplement du muscle cardiaque : il contient aussi du tissu conjonctif, des cellules nerveuses, des vaisseaux sanguins propres (les coronaires), et un revêtement interne et externe spécialisé (l'endocarde et le péricarde). Chacun de ces tissus est indispensable au fonctionnement de l'ensemble.

Les organes existent chez les animaux mais aussi chez les plantes, même si leur organisation y est différente. Chez les végétaux, la feuille, la racine et la tige sont des organes à part entière : la feuille assure la photosynthèse et les échanges gazeux, la racine absorbe l'eau et les minéraux, la tige assure le soutien et le transport de la sève.
Chez les animaux, les organes sont classiquement regroupés en systèmes ou appareils selon leur fonction commune. L'appareil digestif rassemble ainsi l'oesophage, l'estomac, l'intestin grêle, le côlon, le foie et le pancréas. Chacun de ces organes accomplit une étape précise de la digestion, mais c'est leur coordination qui rend le processus possible dans son ensemble.

Les organes sont en permanence en communication avec le reste du corps, via le système nerveux, le système endocrinien (hormonal) et la circulation sanguine. Le rein, par exemple, filtre le sang mais répond aussi aux ordres hormonaux de l'hypophyse et des glandes surrénales pour réguler la pression artérielle et l'équilibre en eau.

Certains organes sont dits vitaux, car leur défaillance entraîne la mort à court terme : le cerveau, le coeur, les poumons, les reins (en tandem), le foie. D'autres sont importants sans être strictement vitaux à court terme, comme la rate, le pancréas ou les gonades.

Il existe aussi des organes dits vestigiaux, héritages de l'évolution qui ont perdu leur fonction principale chez l'espèce actuelle. L'appendice vermiculaire chez l'humain en est l'exemple canonique, bien qu'on lui reconnaisse aujourd'hui un rôle modeste dans l'immunité intestinale. Le coccyx, vestige d'une queue ancestrale, est un autre exemple, même si l'on parle alors davantage d'os que d'organe au sens strict.

La taille, la forme et la localisation d'un organe résultent de millions d'années d'évolution et répondent à des contraintes mécaniques, chimiques et énergétiques très précises. Le foie est volumineux parce qu'il doit traiter en permanence une quantité considérable de sang et assurer des centaines de réactions biochimiques simultanément. Les poumons sont alvéolés pour maximiser leur surface d'échange dans un volume corporel limité. Chez l'humain, cette surface dépasse les 70 m² malgré un volume d'environ 5 litres.

Notons encore que les organes ont une capacité remarquable d'adaptation et, dans certains cas, de régénération. Le foie est l'organe interne le plus régénératif chez les mammifères : il peut reconstituer jusqu'à 70 % de sa masse après une ablation chirurgicale partielle. La peau, bien que souvent considérée comme un tissu, est en réalité le plus grand organe du corps humain, et se renouvelle continuellement. Cette plasticité est au coeur de la médecine régénérative contemporaine, qui cherche à exploiter ou stimuler ces capacités naturelles pour traiter les maladies et les traumatismes.